1986年11月6日，弗格森正式接替阿特金森出任曼联主帅。执教生涯前三个赛季，曼联成绩并无起色。虽然在第二个赛季，弗格森率领曼联夺得联赛第二名，但曼联很快就陷入颓势。1988-89赛季，曼联球迷公开举着写有“三年没有借口，弗格森应该被解雇”的标语牌。第四个赛季，弗格森夺得足总杯冠军。1991-1992赛季，曼联在联赛最后时刻被利兹联击败，无缘冠军。但在欧洲赛场上，弗格森率队先后击败诺丁汉森林和贝尔格莱德红星，夺得欧洲超级杯冠军。
之后曼联开始称霸英超，1992-1993赛季，弗格森终于率领曼联夺得了第一个英超冠军，苏格兰人用了六年的时间，让曼联成为了一支全新的球队。次年，曼联夺得了英超和足总杯双冠王，弗格森连续两年当选年度最佳主教练。1995年，曼联差点夺得第三个英超冠军，但法国球星坎通纳因踢球迷被禁赛9个月，那一年，曼联一无所获。1996年，坎通纳强势回归，帮助球队再次夺得双冠王。
进入21世纪后，曼联凭借“92一代”球队继续称霸，曼联在1998年至2001年连续夺得英超三连冠。随后几年，温格率领的阿森纳曾以不败赛季夺冠，葡萄牙人穆里尼奥率领的切尔西连续两年从曼联手中夺走冠军。在舒梅切尔、科尔、范尼、贝克汉姆等一批球员离队后，弗格森再次启动青训计划，陆续引进罗纳尔多、鲁尼等新晋顶级球星，并最终带领曼联在2006-07、2007-08、2008-09赛季再次完成联赛冠军帽子戏法。2010-11赛季，弗格森率领红魔再次称霸英超。 2012-13赛季，也就是弗格森执教生涯的最后一个赛季英超联赛历年积分榜，红魔历史上第13次夺得英超冠军，这也是红魔迄今为止历史上最后一个联赛冠军。凭借着英超时代的强势统治力英超联赛历年积分榜，曼联后来居上，登上了英格兰顶级联赛历史积分榜榜首。红魔在3625场比赛中，以1731胜890平1004负4平的成绩，积4905分排名第四。
英超时代，除了曼联13次夺冠外英超联赛历年积分榜，切尔西和阿森纳也曾3次夺得联赛冠军，布莱克本也曾1次夺冠，而曼联的同城死敌曼城也在石油美元的强势注入下夺得2次联赛冠军。
